COVID19 Genome Analizi
Massive Bioinformatics olarak Covid-19 Pandemisine karşı mücadeleye destek için Türkiye Halk Sağlığı laboratuvarları ile çalışmaktayız. Bu desteğimizi uzun okuma teknolojileri ve biyoinformatik analizleri ile sürdürüyoruz. Bunların yanı sıra, Shotgun Analiz hizmetimiz sadece SARS-CoV-2 ile sınırlı kalmayıp, aynı zamanda ilgili enfeksiyon bölgesini de kapsadığından, epidemiyologlarımıza hastalıkların mekanizmasını anlamaları adına daha güçlü bilgiler sunmaya çalışıyoruz.
Massive Bioinformatics, oldukça esnek ve geniş kapsamlı analiz hizmetleri sunarak birçok değişik alandaki çalışmalarda bilim insanlarımıza yardım etmektedir. Mevcut analizlerimizin yanı sıra, artık sizlere SARS-CoV-2 genom analizi için tamamen otomatik bir yazılım da sunmaktayız. nCOV19 Genome Analyzer yazılımımız, “Oxford Nanopore raw fast5” veya Fastq datalarını alarak herhangi bir konfigürasyon olmadan bu dataları filogenetik ağaç yapısına kadar oluşturabilmektedir. Yazılımımız, “Massive Bioinformatics” tarafından lisanslanmış olup COVID-19 salgını için özel olarak geliştirilmiştir.
Massive Bioinformatics olarak COVID-19 genomunu hem amplikon hem de Shotgun tabanlı yöntemlerle analiz ediyoruz. “Arctic Protokolünü” kullanarak COVID-19 genomunu düşük miktarda datalar ile de analiz edebilmekteyiz, bu sayede düşük ücretler ile yüksek kapsama konsensus genomu elde etmek mümkündür. Bunların yanı sıra, Shotgun tabanlı protokolümüz, amplifikasyon adımına ihtiyaç duymadan yeni mutasyonların keşfine, indel mutasyonlarının belirlenmesine ve ko-enfeksiyon bölgelerinin tespit edilmesine olanak sağlar. Tüm bu avantajlar sayesinde yeni analiz yazılımımız, hem Shotgun hem de amplikon tabanlı yöntemlerde COVID-19 genom analizini oldukça kolay hale getirmektedir.
Massive Bioinformatics, Illumina sistemleri kullanılarak standartlaştırılmış metagenomik analizlerini sunmanın yanı sıra; Oxford Nanopore teknolojileri tarafından üretilen uzun amplikonları da sunmaktadır. Metagenomik analizlerin içerisinde Shotgun sekanslama yöntemi, korunan bölgelere sahip olmayan virüsler gibi organizmalarda oldukça öne çıkmaktadır. Ayrıca yeni enzimlerin keşfi, antimikrobiyal direnç genlerinin tespiti, ortamdaki mikroorganizmaların tüm genomunun oluşumu, zamana bağlı değişim analizleri gibi birçok farklı amaca ulaşmak mümkündür. Shotgun metagenomik analizleri hakkında daha fazla bilgi için lütfen Massive Bioinformatics ile iletişime geçiniz.
Biyoinformatik Analizler
Filogenetik Analiz
nCOV19 Genome Analyzer, filogeni ağacını ve aktarım modelini otomatik olarak oluşturmak için “GISAID” protokolünü kullanır.
nCOV19 Genome Analyzer
COVID-19 genom yapısı ve Oxford Nanopore teknolojisinden elde edilen dataların analizi için özel yazılım.
Sonuçlar ve İleri Analizler
Amplikon tabanlı sekanslama, düşük maliyetle oldukça fazla kapsama sağlarken Shotgun tabanlı sekanslama diğer tüm mikroorganizmaları tespit etmektedir.
İstatistiksel Çıktılar
nCOV19 Genome Analyzer, genom kapsamı, GC yüzdesi, homopolimer indeller gibi çeşitli istatistikleri otomatik olarak üretir.
İleri Analizler
Tür çeşitliliği ve Tanımlanması
Örnekteki türlerin tanımlanması ve bu türlerin genomunun ne kadarının kapsandığının belirlenmesi.
Uzun Okuma
DNA kalitesine bağlı olarak, 200 kb’ a kadar uzun okuma yapmak mümkündür. Yüksek miktarda genetik materyal içeren karışık örneklerde, yüksek doğruluk ve güvenilir sonuçlar elde etmek için uzun okumalar oldukça önemlidir.
Tüm Genom Analizi
Shotgun metagenomik analizi sonucunda, sunulan organizmalar için tüm genom analizlerini yapmak ve bu genomlar üzerinde karşılaştırmalı çalışmalar yapmak mümkündür.
Fonksiyonel Analizler
Özelleştirilmiş veritabanları ve gelişmiş arama algoritmaları ile elde edilen sonuçlar kullanılarak genlerin fonksiyonel bilgilerine ulaşmak mümkündür.
