SSu – LSu Metagenomik Analizler

Metagenomik analiz ile bir numune içerisinde bulunan mikroorganizmaların çeşitliliğini ve miktarlarını belirlemek mümkündür. Bakterileri ~1500 bç uzunluğuna sahip 16S rRNA geni ile ayırmak artık standardize olmuş bir işlemdir. Ancak günümüzde kullanılan yeni nesil dizileme metotlarının çoğu bu genin sadece yaklaşık ~450 bç uzunluğundaki bir bölümü ile çalışmakta ve bu nedenle hatalı sonuçlar üretmektedir. Oxford Nanopore uzun okuma teknolojisi sayesinde 1500 bç uzunluğundaki 16S rRNA geninin tümünü okuyarak türlerin ayırımına yönelik çözünürlüğü arttırmış ve bu alanda yeni bir sayfa açmıştır. Metagenomik analizler çok farklı örnek tipini, veya bir örneğin bileşenlerini detaylı incelemek için oldukça fazla sayıda olanak sağlamaktadır. 

  • Uzun Okuma ile Daha Doğru Sonuçlar

  • Bakteri, Arkea, Mantar ve Ökaryot

  • 16S, ITS, 18S genleri

  • Karşılaştırmalı Analizler

Massive Bioinformatics, Illumina sistemleri kullanılarak standardize olan metagenomik analizlerin yanı sıra Oxford Nanopore teknolojisi ile ürertilen uzun amplikonlar ile de analizler sunmaktadır.  16s rRNA bölgesinin V3-V4 bölgesini içeren yaklaşık 450 bç uzunluğunda hiper değişken bölge ile yapılan analizlerin yanısıra yaklaşık 1500 bç uzunluğunda ki tüm 16s rRNA bölgesinin çoğaltılmasıyla taksonomik çözünürlüğün arttırılması ve daha doğru sonuçlara ulaşılması mümkündür.

Farklı canlı gruplarına yönelik barkod genleri kullanılarak bakteri ve arkea grupları 16s rRNA geni ile, mantarlar ITS bölgesi ile, ökaryotik canlılar 18S rRNA genine yönelik sekanslama ile metagenomik analizleri gerçekleştirilmektedir. İstenildiği taktirde çalışmanın içeriğine göre farklı veritabanları kullanılması, farklı iş akışları ile kombinasyonlar yapılarak sonuçların doğruluğunun arttırılması sağladığımız hizmetler arasındadır.

Popülasyon ve biyomarker çalışmalarında, örnekler arası karşılaştırmalı analizler yapılır ve ilgili görsel grafikler çalışmanıza uygun olarak oluşturulur.

Sayı Teknoloji Analiz*** Fiyat (Örnek Başı)**
1-12 Illumina Sekanslama ve Biyoinformatik Analizler 150 $
1-12 Oxford Nanopore Biyoinformatik Analizler* 100 $
13-48 Illumina Sekanslama ve Biyoinformatik Analizler 135 $
13-48 Oxford Nanopore Biyoinformatik Analizler* 85 $
48- Illumina Sekanslama ve Biyoinformatik Analizler 120 $
48- Oxford Nanopore Biyoinformatik Analizler* 70 $
  • *Oxford Nanopore ile yapılan analizlere ait fiyatlarda dizileme ücreti dahil değildir.
  • ** Fiyatlara KDV dahil değildir.
  • ***Dizileme için gönderilecek örneklerin DNA izolasyonu yapılmış ve aşağıdaki parametrelere uygun olmalıdır:
  • Agaroz jel elektroforezi ile doğrulanmış, degrade olmadığı görülen
  •  Toplam miktarı 2 μg ve uzerinde olup konsantrasyonu 20 ng/μl ve üzerinde olan

Biyoinformatik Analizler

  • Tür Çeşitliliği ve Miktar Analizi

  • Temel koordinat ve komponent analizi

  • Alfa – Beta çeşitlilik analizi

  • Biyomarker analizi

Biyoinformatik Analizler

Tür Çeşitliliği ve Miktar Analizi

Örnek içerisinde ki tür dağılımlarının kantitatif olarak belirlenmesi ve gösterilmesi

Karşılaştırmalı Taksonomik Analizler

Örnek içerisinde ki tür dağılımlarının kantitatif olarak belirlenmesi ve gösterilmesi

Temel Koordinat ve Komponent Analizleri

Örnekler arasındaki komünite benzerliklerinin, diğer parametreler ile birlikte temel koordinat analizinin gerçekleştirilmesi

Alfa – Beta Çeşitlilik Analizleri

Alfa çeşitlilik ile örneklerin kendi içerisinde taksonomik çeşitliliğinin ve zenginliğinin nasıl dağıldığı ve Beta çeşitlilik ile taksonomik çeşitliliğin farklı örnekler arasında nasıl dağıldığının gösterilmesi