nCOV19 ANALYSER

nCOV19 Analyser uzun okuma tekniğinden faydalanan Oxford Nanopore sekans teknolojisi ile SARS-CoV-2 saptaması için özelleştirilmiş bir veri akışı programıdır. nCOV19 Analyser okumaları SARS-CoV-2 referans genomuna hizalar, varyantları çağırır ve konsesus genom sekansı üretir. Daha sonra ise soy belirler, Pangolin ve NextClade kullanarak örneğin clade ve filogenetik ağaç bilgilerini belirler. Bütün bilgiler, veriler ve QC metrik dosyaları özetlenir ve tek bir kapsamlı html raporu halinde kolayca görüntülenebilir halde sunulur.

ÖZELLİKLER

Yazılım İçi Yerleşik SARS-CoV-2 Referans Genomu
SARS-CoV-2 Uzun Okuma ve Yüksek Kapsam Sekansı
Haritalama/Hizalama ve Varyant Çağırma
Konsensus Sekans (FASTA) Üretimi
Örneklerin Kapsam ve QC Metrikleri İçin İstatistik ve Grafikler
Pangolin Soy Analizi ve NextClade Analizi
Nextstrain Filogenetik Ağaç Analizi
Örneklerin Detaylı Excel Raporu Üretimi
Örneklerin Detaylı İnteraktif HTML Raporu
GISAID Formatlı Excel Raporu Üretimi

Covid19 ile Mücadelede Cephanenize Eklemeniz Gereken Esas Araç!

Covid19 İçin Özelleştirilmiş Son Model Veri Akışı!

Covid19 Varyantları İçin Daha Derin Analizlere Sahip Olun

Detaylar İçin Bize Ulaşın

İŞ AKIŞI

Girdi Örnekleri Dizini Hazırlama
Filogenetik Analiz ve GISAID Raporu İçin Örneklerin Meta Verilerini Doldurma
İsteğe Bağlı Ayarları Gözden Geçirme ve Değişikler Yapma

TEKNİK ÖZELLİKLER

Aşağıdaki Sonuçlar Örnek Sekansı ve Analizi Sonrası Her Bir Örnek İçin nCOV19 Analyser Tarafından Sağlanır:

Ham Okumalar (Fastq formatında)
Konsensus Genom Sekansı (FNA formatında)
SNP/Indel’lerin NC_045512.2 ile Kıyaslanma Listesi (VCF formatında)
Ortalama Derinlik
Kalite Kontrol (Geçti/Kaldı)
Pango Soyu
VOI/VOC için WHO Etiketleri
Harf Kodları ile Küme Tanımlama
İstatistik Analizlerin Grafik Çizimleri
Tüm Özetlenmiş Bilgileri İçeren Bir Rapor Sayfası (HTML formatında)
NC_045512.2 ile Karşılaştırılmış Hizalama Dosyası (BAM formatında)
Gen ve Amino Asit Değişim Listesi
Filogenetik Ağaç Dosyası (JSON formatında)
Konsensus Genom Sekansı (FASTA formatında)

ANA ÇIKTI DOSYALARI

vcf.gz
consensus.fasta
samples_report.xlsx (Tüm örnek istatistiklerini, soy, clade ve QC bilgilerini içerir)
sample.html (Örneğin soy, clade, kapsam ve N-baz kapsam istatiğini, detaylı amino asit değişikliklerini ve varyantları, filogenetik ağaç dosyasını içerir)
phylogenetic_tree.json
QCmetrics.html

Yazılımın İçinden

Güçlü Analizler için Optimize Edildi

Güncel raporumuzu görüntüleyin

nCOV19 Analyser

Covid19 için Son Model Çözüm!

Daha fazlası için bizle iletişime geçin.

Güncel raporumuzu görüntüleyin

Kolay Görüntüleme – Tüm Örnekler Tek Dosyada

Örnek Rapor

GISAID Format

ÖRNEK FİGÜRLER

Clade Bilgisi

Clade ile ilgili tüm erişilebilir bilgiler sunulmaktadır.

Filogenetik Ağaç

SARS-CoV-2 filojenisi üzerine yerleştirilmiş örnekler.

Genomik Frakiyon Kapsamı

Bu grafik, belirli kapsam oranlarında ne kadar referans sekanslandığına dair bilgi verir.

x-ekseni: Kapsam (X), y-ekseni: Referans Fraksiyonu (%)

Referansa Göre Hizalama Kalitesi

Bu grafik referansa göre kromozom bazlı hizalama kalitesini göstermektedir.

SampleA_genome_mapping_quality_across_reference

x-ekseni: Pozisyon (bp), y-ekseni: Hizalama Kalitesi

Genomik Kapsam Histogramı

Bu histogram grafiği kapsamı göstermektedir. Kapsam histogramı sekans kapsam aralığının görselleştirilmesi için kullanılır. Okuma derinlikleri x-ekseninde gösterilirken, okuma derinliği bölgesini kapsayan toplam referans baz sayısı y-ekseninde gösterilmektedir.