Kütüphane Hazırlık Kitleri
Bu kit, şu kullanıcılar için önerilir:
- kısa bir hazırlık süresine ihtiyaç duyan
- laboratuvar ekipmanına sınırlı erişimi olan
Ana Özellikler:
Hazırlama süresi: 10 dakika
Girdi miktarı: 400 ng yüksek moleküler ağırlıklı gDNA
Okuma uzunluğu: Girdi parçası uzunluğuna bağlı olarak rastgele dağılım
Tipik verim: MiniION/GridION’da akış hücresi başına 6 saatte 1-2 Gb, 48 saatte 4-8 Gb
İş Akışı
Rapid Sequencing Kit, 10 dakika içinde iki adımlı basit bir protokol kullanarak, izole edilmiş gDNA’dan dizileme kütüphaneleri oluşturur. Kitin kalbinde, aynı anda kalıp molekülleri parçalayan ve etiketleri yarılmış uçlara bağlayan bir transpozaz bulunur. Hızlı Dizileme Adaptörleri (Rapid Sequencing Adapters) daha sonra etiketli uçlara eklenir.
Bu kit, şu kullanıcılar için önerilir:
• PCR olmadan tek bir MinION Mk 1B akış hücresinde 5-20 kb’lik belirli bölgeleri yüksek kapsama (>100x) ile hedeflemek isteyen,
• Tek bir testte 100’e kadar hedef bölge kullanarak daha büyük, bitişik İlgi Bölgesi (Region of Interest – ROI) dizilemek isteyen,
• 1-10 µg müsait yüksek kaliteli gDNA’ya sahip,
• Metilasyon örüntüleri (pattern) veya diğer modifiye bazlarla ilgilenen,
• Yüksek oranda tekrarlayan gen hedefleri olan veya geleneksel amplifikasyon yönteminin veya sentez yoluyla dizileme yöntemlerinin yanlı bir sonuç verebileceği bir genişletmedeki tekrar sayısını değerlendirmek isteyen,
• Uzun menzilli PCR’a (>30 kb) uygun olmayan uzun gen hedeflerini tek geçişte dizilemek isteyen,
* Not: Bu, bir ROI’yi “döşeme” olarak bilinir.
Ana Özellikler:
Hazırlama süresi: 110 dakika
Girdi miktarı: 1–10 µg çift sarmallı DNA (5 µg önerilir)
Okuma uzunluğu: = parça uzunluğu
Tipik verim: MiniION/GridION’da akış hücresi başına 6 saatte <1 Gb, 48 saatte 1-4 Gb
İş Akışı
Cas9 Sekanslama Kiti, bir genomik DNA örneğinden İlgili Bölgelerin (ROI) zenginleştirilmesi için bir yöntem sunar. DNA ekstraksiyonundan sonra, dizileme adaptörlerinin hedef olmayan zincirlere bağlanmasını azaltmak için 5′ uçları defosforile edilir. Bağlı crRNA ve tracrRNA’ya sahip Cas9 ribonükleoprotein partikülleri (RNP’ler), genomik DNA’ya eklenir ve ardından İlgili Bölge’yi (ROI) bağlar ve böler. Cas9 tarafından dsDNA bölünmesi, bağlanabilir 5′ fosfatlarla kör uçlar ortaya çıkarır. Numunedeki DNA’nın tamamı dA kuyrukludur, bu da kör uçları dizileme adaptör ligasyonu için hazırlar. Dizileme adaptörleri öncelikle hem 3′ dA-kuyruklu hem de 5′ fosforile olan Cas9 kesim kenarlarına bağlanır. Kütüphane hazırlığı, fazla adaptörleri çıkarmak için AMPure XP boncukları kullanılarak temizlenir ve Dizileme Tamponunda (Sequencing Buffer) yeniden süspanse edilir (Hedef olmayan moleküller çıkarılmaz). Sonraki kütüphane hazırlığı, dizileme için akış hücresine eklenir.
Bu kit, şu kullanıcılar için önerilir:
• Tam uzunluktaki transkriptleri belirlemek ve ölçmek isteyen,
• Diferansiyel gen ifadesi ile ilgilenen,
• İzoformları, splice varyantlarını ve füzyon transkriptlerini karakterize etmek ve ölçmek isteyen
• PCR kaynaklı sapma ve artefaktlardan kaçınmak isteyen
Ana Özellikler:
Hazırlama süresi: 270 dakika
Girdi miktarı: 100 ng poly-A+ RNA
Okuma uzunluğu: Tam uzunlukta cDNA için zenginleştirilmiştir
Tipik verim: MiniION/GridION’da akış hücresi başına 6 saatte 2-3+ Gb, 48 saatte 8+ Gb; PromethION’da akış hücresi başına 6 saatte 10-15+ Gb, 48 saatte 40+ Gb
İş Akışı
Tam uzunlukta mRNA’yı alarak, tamamlayıcı iplik, kitte bulunan bir oligo adaptörü kullanılarak sentezlenir. RNA daha sonra bozulur ve ikinci (tamamlayıcı) iplik sentezlenir. Doğrudan cDNA Dizileme Kitinde sağlanan adaptörler daha sonra cDNA iplikçiklerinin porlara girmesi için gereken bileşenleri tanıtan cDNA’ya bağlanır. Dubleksin bir ipliği bir seferde sıralanır ve 1D okumalar üretilir.
Bu kit, şu kullanıcılar için önerilir:
• Çok kanallı bir pipet veya bir sıvı işleme robotu ile aynı anda birden fazla numuneyi işlemek isteyen,
• Dizileme deneylerini verim için optimize etmek isteyen,
• Okuma uzunluğu üzerinde kontrole ihtiyaç duyan,
• Boyut seçimi veya tüm genom amplifikasyonu gibi yukarı akış süreçlerinden yararlanmak isteyen
Ana Özellikler:
Hazırlık süresi: 110 dakika
Girdi miktarı: 1000 ng yüksek moleküler ağırlıklı dsDNA / parçalanma veya PCR yapılıyorsa 100+ ng DNA
Okuma uzunluğu: = parça uzunluğu
Tipik verim: MiniION/GridION’da akış hücresi başına 6 saatte 2-3+ Gb, 48 saatte 8+ Gb; PromethION’da akış hücresi başına 6 saatte 10-15+ Gb, 48 saatte 40+ Gb
İş Akışı
Ligasyon Dizileme Kiti, dsDNA’dan (örn. gDNA, cDNA veya amplikonlar) dizileme kütüphaneleri hazırlamak için esnek bir yöntem sunar. Kütüphane hazırlama yöntemi basittir: DNA uçları, NEBNext End Repair/dA-tailing modülü kullanılarak FFPE ile onarılır ve uçları hazırlanır/dA-kuyruğu yapılır ve ardından kitte sağlanan dizileme adaptörleri hazırlanan uçlara bağlanır.
Bu kit, şu kullanıcılar için önerilir:
• Dizileme deneylerini verim için optimize etmek isteyen,
• Okuma uzunluğu üzerinde kontrole ihtiyaç duyan,
• Boyut seçimi veya tüm genom amplifikasyonu gibi yukarı akış süreçlerinden yararlanmak isteyen
Ana Özellikler:
Hazırlama süresi: 60 dakika dakika
Girdi miktarı: 1000 ng yüksek moleküler ağırlıklı dsDNA / parçalanma veya PCR yapılıyorsa 100+ ng DNA
Okuma uzunluğu: = parça uzunluğu
Tipik verim: MiniION/GridION’da akış hücresi başına 6 saatte 2-3+ Gb, 48 saatte 8+ Gb; PromethION’da akış hücresi başına 6 saatte 10-15+ Gb, 48 saatte 40+ Gb
İş Akışı
Ligasyon Dizileme Kiti, dsDNA’dan (örn. gDNA, cDNA veya amplikonlar) dizileme kütüphaneleri hazırlamak için esnek bir yöntem sunar. Kütüphane hazırlama yöntemi basittir: DNA uçları, NEBNext End Repair/dA-tailing modülü kullanılarak FFPE ile onarılır ve uçları hazırlanır/dA-kuyruğu yapılır ve ardından kitte sağlanan dizileme adaptörleri hazırlanan uçlara bağlanır.
Bu kit, şu kullanıcılar için önerilir:
• RT veya PCR sapmasını engellemek isteyen,
• Ters transkripsiyonu zor olan transkriptlere sahip olan,
• Modifiye bazlar gibi native RNA’nın özelliklerini araştıran
Ana Özellikler:
Hazırlık süresi: 115 dakika
Girdi miktarı: 500 ng RNA (poly-A+)
Okuma uzunluğu: = RNA uzunluğu
Tipik verim: MiniION/GridION’da akış hücresi başına 6 saatte <1 Gb, 48 saatte 1-4 Gb; PromethION’da akış hücresi başına 6 saatte <5 Gb, 48 saatte 5-20 Gb
İş Akışı
Doğrudan RNA Dizileme kiti (SQK-RNA002), Oxford Nanopore dizileme cihazlarında 1D dizileme için 3′ ucunda polyA kuyruğu olan herhangi bir RNA’yı hazırlamak için kullanılır. Olası RNA girdisi, ökaryotik mRNA’yı, bir polyA kuyruğu olan viral RNA’yı veya bir polyA-tailing kiti ile hazırlanmış herhangi bir RNA’yı içerir. PolyA kuyruğu olmayan RNA için kullanıcılar, tRNA’nın 3′ ucu veya 16S rRNA gibi belirli bir 3′ terminal dizisini bağlamak adına kendi özel adaptörlerini tasarlamak için basit talimatları izleyebilirler. Kit, 500 ng RNA girdisi gerektirir.
Bu kit, şu kullanıcılar için önerilir:
• Soğuk hava deposu ve laboratuvar ekipmanına sınırlı erişimi olan sahada çalışan
Ana Özellikler:
Hazırlık süresi: 10 dakika
Girdi miktarı: 400 ng dsDNA
Okuma uzunluğu: Girdi parçası uzunluğuna bağlı olarak rastgele dağılım
Tipik verim: MiniION/GridION’da akış hücresi başına 6 saatte 1-2 Gb, 48 saatte 4-8 Gb
İş Akışı
Saha Dizileme Kiti, 10 dakika içinde 2 adımlı basit bir protokol kullanarak, izole edilmiş gDNA’dan dizileme kütüphaneleri oluşturur. Kitin kalbinde, aynı anda kalıp molekülleri parçalayan ve etiketleri yarılmış uçlara bağlayan bir transpozaz bulunur. Hızlı Dizileme Adaptörleri daha sonra etiketli uçlara eklenir.
Bu kit, şu kullanıcılar için önerilir:
• Bu kit, başlangıç DNA miktarı düşük olan,
• Dizileme deneylerini verim için optimize etmek isteyen,
• Okuma uzunluğu üzerinde kontrole ihtiyaç duyan,
• Hedeflenen amplikon dizilimi ile ilgilenen
Ana Özellikler:
Hazırlık süresi: PCR + 60 dakika
Girilen miktar: 100 ng dsDNA
Okuma uzunluğu: = PCR sonrası parça uzunluğu
Tipik verim: MiniION/GridION’da akış hücresi başına 6 saatte 2-3+ Gb, 48 saatte 8+ Gb
İş Akışı
PCR Dizileme Kiti, sınırlı miktarda başlangıç gDNA’sının bulunduğu durumlarda dizileme kütüphaneleri hazırlamak için tasarlanmıştır.
gDNA, bir Covaris g-TUBE içinde parçalanır. Kesilen uçlar NEBNext End Repair/dA-tailing modülü kullanılarak onarılır ve dA-kuyruğu yapılır. Ardından primer bağlama bölgeleri içeren adaptörler hazırlanan uçlara bağlanır. Hızlı Dizileme Adaptörlerinin ligazsız bağlanmasını kolaylaştıran 5′ etiketleri içeren primerler kullanılarak bir amplifikasyon adımı izler.
Kit, PCR öncesi yaklaşık 50 dakikalık çalışma gerektirir. PCR adımı değişkendir (döngü sayısına, polimeraz hızına ve şablon uzunluğuna bağlıdır). Standart protokol 100 ng gDNA ile başlamayı önerir: daha az kullanılabilir, ancak PCR döngülerinin sayısını artırmak gerekebilir. PCR sonrası çalışma yaklaşık 10 dakikadır.
Bu kit, şu kullanıcılar için önerilir:
• Bu kit, sınırlı miktarda girdi materyaline sahip,
• Dizileme deneylerini verim için optimize etmek isteyen,
• Tam uzunluktaki transkriptleri belirlemek ve ölçmek isteyen,
• Diferansiyel gen ekspresyonu ile ilgilenen,
• İzoformları, splice varyantlarını ve füzyon transkriptlerini karakterize etmek ve ölçmek isteyen
Ana Özellikler:
Hazırlık süresi: 165 dakika
Girdi miktarı: 1 ng poly-A+ veya 50 ng total RNA
Okuma uzunluğu: Tam uzunlukta cDNA için zenginleştirilmiştir
Tipik çıktı: MinION/GridION’da akış hücresi başına 48 saatte 7-12+ milyon tam uzunlukta eşlenmiş okuma; PromethION’da akış hücresi başına 48 saatte 50+ milyon eşlenmiş okuma
İş Akışı
Tam uzunlukta PolyA+ RNA alınarak, kit tarafından sağlanan oligonükleotitler kullanılarak tamamlayıcı iplik sentezi ve iplik değiştirme gerçekleştirilir. dscDNA daha sonra Hızlı Dizileme Adaptörlerinin ligazsız bağlanmasını kolaylaştıran 5′ etiketleri içeren primerler kullanılarak PCR amplifikasyonu ile üretilir.
Barkodlama Kitleri
Bu kit, şu kullanıcılar için önerilir:
• Numune başına fiyatı düşürmek için numuneleri multiplekslemek isteyen
• Baz modifikasyonları gibi ek bilgileri korumak için PCR içermeyen bir multipleksleme yöntemine ihtiyaç duyan,
• Kısa bir hazırlık süresine ihtiyaç duyan,
• Laboratuvar ekipmanına sınırlı erişimi olan
Barkodlama veya multipleksleme, numune başına gereken veri miktarı, tek bir akış hücresinden üretilebilecek toplam veri miktarından daha az olduğunda kullanışlıdır. Bir kullanıcının birden fazla numuneyi bir araya toplamasına ve bunları birlikte dizilemesine olanak vererek akış hücresini daha verimli bir şekilde kullanmasını sağlar.
Ana Özellikler:
Hazırlama süresi: 10 dakika
Girdi miktarı: 400 ng HMW gDNA
Okuma uzunluğu: Girdi parçası uzunluğuna bağlı olarak rastgele dağılım
Tipik verim: MiniION/GridION’da akış hücresi başına 6 saatte 1-2 Gb, 48 saatte 4-8 Gb
İş Akışı
Hızlı Barkodlama Kiti, 10 dakika içinde 2 adımlı basit bir protokol kullanarak, izole edilmiş gDNA’dan barkodlu dizileme kütüphaneleri oluşturur. Kitin kalbinde, aynı anda kalıp molekülleri parçalayan ve barkodlu etiketleri bölünmüş uçlara bağlayan bir transpozaz bulunur: kitte 12 benzersiz barkodlu etiket vardır. Barkodlu numuneler havuzlanır (pool) ve ardından Hızlı Dizileme Adaptörleri etiketlenen uçlara eklenir.
Bu kit, şu kullanıcılar için önerilir:
• Numune başına fiyatı düşürmek için numuneleri multiplekslemek isteyen,
• Başlangıç DNA miktarı düşük olan,
• Basit bir kütüphane hazırlama prosedürüne ihtiyaç duyan
Barkodlama veya multipleksleme, numune başına gereken veri miktarı, tek bir akış hücresinden üretilebilecek toplam veri miktarından daha az olduğunda kullanışlıdır. Bir kullanıcının birden fazla numuneyi bir araya toplamasına ve bunları birlikte dizilemesine olanak vererek akış hücresini daha verimli bir şekilde kullanmasını sağlar.
Ana Özellikler:
Hazırlık süresi: PCR + 15 dakika
Girdi miktarı: 1-5 ng gDNA
Okuma uzunluğu: Yaklaşık olarak 2 kb
Tipik verim: MiniION/GridION’da akış hücresi başına 6 saatte 1-2 Gb, 48 saatte 4-8 Gb
İş Akışı
Hızlı PCR Barkodlama Kiti, düşük miktarlarda gDNA (1-5 ng) için yalnızca yaklaşık 15 dakikalık uygulamalı hazırlık süresiyle barkodlu kütüphaneleri hazırlanması için en hızlı ve en basit yöntemi sunar.
Kitin kalbinde, her numunedeki kalıp molekülleri aynı anda bölen ve primer bağlanma bölgelerini içeren etiketleri yarılan uçlara bağlayan bir transpozaz bulunur. Kit, daha sonra her numuneyi amplifiye etmek için kullanılan 12 primer içerir. Her primer, Hızlı Dizileme Adaptörlerinin ligazsız bağlanmasını kolaylaştıran bir barkod ve 5′ ucu etiket içerir. Amplifiye edilmiş ve barkodlanmış örnekler daha sonra bir araya toplanır ve havuzlanmış karışıma Hızlı Dizileme Adaptörleri eklenir.
Bu kit, şu kullanıcılar için önerilir:
• Numune başına fiyatı düşürmek için numuneleri multiplekslemek isteyen,
• Sınırlı miktarda girdi materyaline sahip,
• Dizileme deneylerini verim için optimize etmek isteyen,
• Tam uzunluktaki transkriptleri belirlemek ve ölçmek isteyen,
• Diferansiyel gen ekspresyonu veya diferansiyel transkript kullanımı ile ilgilenen,
• İzoformları, splice varyantlarını ve füzyon transkriptlerini karakterize etmek ve ölçmek isteyen
Ana Özellikler:
Hazırlık süresi: 165 dakika
Girdi miktarı: 1 ng poly-A+ RNA veya 50 ng total RNA
Okuma uzunluğu: PCR sırasında tam uzunlukta cDNA için zenginleştirilmiştir
Tipik çıktı: MinION/GridION’da akış hücresi başına 48 saatte 7-12+ milyon tam uzunlukta eşlenmiş okuma; PromethION’da akış hücresi başına 48 saatte 50+ milyon eşlenmiş okuma
İş Akışı
Tam uzunlukta poly-A+ RNA alınarak, kit tarafından sağlanan oligonükleotitler kullanılarak tamamlayıcı iplik sentezi ve iplik değiştirme gerçekleştirilir. Kit, PCR amplifikasyonu ile çift sarmallı cDNA’yı oluşturmak ve daha sonra amplifiye etmek için kullanılan 12 primer çifti içerir. Her primer çifti, Hızlı Dizileme Adaptörlerinin ligazsız bağlanmasını kolaylaştıran bir barkod ve 5′ ucu etiketi içerir. Amplifiye edilmiş ve barkodlanmış numuneler daha sonra bir araya toplanır ve havuzlanmış karışıma Hızlı Dizileme Adaptörleri eklenir.
Bu kit, şu kullanıcılar için önerilir:
• Numune başına fiyatı düşürmek için numuneleri multiplekslemek isteyen,
• Başlangıç DNA miktarı düşük olan,
• Dizileme deneylerini verim için optimize etmek isteyen,
• Okuma uzunluğu üzerinde kontrole ihtiyaç duyan,
• cDNA veya hedeflenen amplikon dizilimi ile ilgilenen
Barkodlama veya multipleksleme, numune başına gereken veri miktarı, tek bir akış hücresinden üretilebilecek toplam veri miktarından daha az olduğunda kullanışlıdır. Bir kullanıcının birden fazla numuneyi bir araya toplamasına ve bunları birlikte dizilemesine olanak vererek akış hücresini daha verimli bir şekilde kullanmasını sağlar.
Ana Özellikler:
Hazırlık süresi: PCR + 60 dakika
Girdi miktarı: 100 ng dsDNA
Okuma uzunluğu: = PCR sonrası parça uzunluğu
Tipik verim: MiniION/GridION’da akış hücresi başına 6 saatte 2-3+ Gb, 48 saatte 8+ Gb
İş Akışı
PCR Barkodlama Kiti, birden fazla numuneden sınırlı miktarda başlangıç gDNA’sı olduğunda, barkodlu dizileme kütüphaneleri hazırlamak için tasarlanmıştır.
gDNA örnekleri, Covaris g-TUBE’lerde parçalanabilir. Kesilmiş uçlar NEBNext End Repair/dA-tailing modülü kullanılarak onarılır ve dA-kuyruğu yapılır. Ardından primer bağlama bölgeleri içeren adaptörler hazırlanan uçlara bağlanır. Kit, daha sonra her numuneyi amplifiye etmek için kullanılan 12x primer çifti içerir. Her primer çifti, Hızlı Dizileme Adaptörlerinin ligazsız bağlanmasını kolaylaştıran bir barkod ve 5′ ucu etiket içerir. Amplifiye edilmiş ve barkodlanmış numuneler daha sonra bir araya toplanır ve havuzlanmış karışıma Hızlı Dizileme Adaptörleri eklenir
Kit, PCR öncesi yaklaşık 50 dakikalık çalışma gerektirir. PCR adımı değişkendir (döngü sayısına, polimeraz hızına ve kalıp uzunluğuna bağlıdır). Standart protokol 100 ng gDNA ile başlamayı önerir: daha az kullanılabilir, ancak PCR döngülerinin sayısını artırmak gerekebilir. PCR sonrası çalışma yaklaşık 10 dakikadır.
This kit also offers a method whereby users are able to barcode and tag their own specific amplicons with the same 5’ group, simplifying downstream post-PCR processing. This is done via a four-primer PCR. Users add a 5’ tail to their own primer sequences and this acts a priming site for a set of barcoded “outer” primers (supplied in the PCR Barcoding Kit) and these primers contain the 5’ tags which facilitate the ligase-free attachment of Rapid Sequencing Adapters.
Bu kit, şu kullanıcılar için önerilir:
• Numune başına fiyatı düşürmek için numuneleri multiplekslemek isteyen,
• 16S dizileme yapmak isteyen,
• Cins düzeyinde bakteri tanımlamayla ilgilenen
Barkodlama veya multipleksleme, numune başına gereken veri miktarı, tek bir akış hücresinden üretilebilecek toplam veri miktarından daha az olduğunda kullanışlıdır. Bir kullanıcının birden fazla numuneyi bir araya toplamasına ve bunları birlikte dizilemesine olanak vererek akış hücresini daha verimli bir şekilde kullanmasını sağlar.
Ana Özellikler:
Hazırlık süresi: PCR + 10 dakika
Girdi miktarı: 10 ng gDNA
Okuma uzunluğu: = tam uzunlukta 16S geni (yaklaşık olarak 1.5kb)
Tipik verim: MiniION/GridION’da akış hücresi başına 6 saatte 1-2 Gb, 48 saatte 4-8 Gb
İş Akışı
DNA, Hızlı Dizileme Adaptörlerinin ligazsız bağlanmasını kolaylaştıran barkodlar ve 5′ ucu etiketleri içeren spesifik 16S primerleri (27F ve 1492R) kullanılarak PCR ile amplifiye edilir. Kit, 12x barkodlu primer çifti içerir.
Kit, 16S protokolünden gelen verileri analiz etmek için kullanılabilen EPI2ME 16S-BLAST iş akışı tarafından desteklenir. Barkodlu dizileme verilerinin dekonvolüsyonu, barkod dizisini sınıflandıran ve okumaları ilgili klasörlere ayıran Albacore ve EPI2ME tarafından desteklenir.
Bu kit, şu kullanıcılar için önerilir:
• 16S dizileme yapmak isteyen,
• Cins düzeyinde bakteri tanımlamayla ilgilenen
Barkodlama veya multipleksleme, numune başına gereken veri miktarı, tek bir akış hücresinden üretilebilecek toplam veri miktarından daha az olduğunda kullanışlıdır. Bir kullanıcının birden fazla numuneyi bir araya toplamasına ve bunları birlikte dizilemesine olanak vererek akış hücresini daha verimli bir şekilde kullanmasını sağlar.
Ana Özellikler:
Hazırlık süresi: PCR + 10 dakika
Girilen miktar: 10 ng gDNA
Okuma uzunluğu: = tam uzunlukta 16S geni (yaklaşık olarak 1.5kb)
Tipik verim: MiniION/GridION’da akış hücresi başına 6 saatte 1-2 Gb, 48 saatte 4-8 Gb
İş Akışı
DNA, Hızlı Dizileme Adaptörlerinin ligazsız bağlanmasını kolaylaştıran 5′ ıcu etiketleri içeren spesifik 16S primerleri (27F ve 1492R) kullanılarak PCR ile amplifiye edilir. Kit, 24x barkodlu primer çifti içerir.
Kit, 16S protokolünden gelen verileri analiz etmek için kullanılabilen EPI2ME 16S-BLAST iş akışı tarafından desteklenir. Barkodlu dizileme verilerinin dekonvolüsyonu, barkod dizisini sınıflandıran ve okumaları ilgili klasörlere ayıran Guppy ve EPI2ME tarafından desteklenir.
Eklenti Paketleri
Bu kit, şu kullanıcılar için önerilir:
• Numune başına fiyatı düşürmek için numuneleri multiplekslemek isteyen,
• Baz modifikasyonları gibi ek bilgileri korumak için PCR içermeyen bir multipleksleme yöntemine ihtiyaç duyan,
• Dizileme deneylerini verim için optimize etmek isteyen,
• Okuma uzunluğu üzerinde kontrole ihtiyaç duyan,
• Boyut seçimi veya tüm genom amplifikasyonu gibi yukarı akış süreçlerinden yararlanmak isteyen
Barkodlama veya multipleksleme, numune başına gereken veri miktarı, tek bir akış hücresinden üretilebilecek toplam veri miktarından daha az olduğunda kullanışlıdır. Bir kullanıcının birden fazla numuneyi bir araya toplamasına ve bunları birlikte dizilemesine olanak vererek akış hücresini daha verimli bir şekilde kullanmasını sağlar.
İş Akışı
Kütüphane hazırlama yöntemi, Ligasyon Dizileme Kiti protokolüne benzer; DNA uçları, NEBNext End Repair/dA-tailing modülü kullanılarak onarılır ve dA-tailing yapılır ve ardından, dA-kuyruklu kalıp üzerinde benzersiz bir dT-kuyruklu barkod adaptörü bağlanır. Barkodlu numuneler daha sonra bir araya toplanır. Her bir barkod adaptörünün ayrıca yapışkan bir ucu vardır ve bu, kitte bulunan dizileme adaptörlerine bağlanmak için bir kanca olarak kullanılır.
Bu kit, şu kullanıcılar için önerilir:
• Numune başına fiyatı düşürmek için numuneleri multiplekslemek isteyen,
• Baz modifikasyonları gibi ek bilgileri korumak için PCR içermeyen bir multipleksleme yöntemine ihtiyaç duyan,
• Dizileme deneylerini verim için optimize etmek isteyen,
• Okuma uzunluğu üzerinde kontrole ihtiyaç duyan,
• Boyut seçimi veya tüm genom amplifikasyonu gibi yukarı akış süreçlerinden yararlanmak isteyen
Barkodlama veya multipleksleme, numune başına gereken veri miktarı, tek bir akış hücresinden üretilebilecek toplam veri miktarından daha az olduğunda kullanışlıdır. Bir kullanıcının birden fazla numuneyi bir araya toplamasına ve bunları birlikte dizilemesine olanak vererek akış hücresini daha verimli bir şekilde kullanmasını sağlar.
İş Akışı
PCR Barkodlama Ek Paketi 1-12, Oxford Nanopore MinION üzerinde birden çok dizileme kütüphanesinin bir havuzda toplanmasına ve birlikte çalıştırılmasına izin verecek şekilde tasarlanmıştır. Kit, hem ileri hem de geri primerlerde aynı barkoda sahip adaptörler ve Oxford Nanopore ileri ve geri PCR primerlerini içerir. 12 benzersiz barkod ve her barkod için 6 kütüphane oluşturmaya yetecek kadar gerekli adaptör vardır. Barkodlar, çaprazlama olasılığını en aza indirmek için dikkatlice tasarlanmış ve kapsamlı bir şekilde saflaştırılmıştır. Şu anda bu kitin genomik, amplikon ve cDNA kitaplıkları için PCR Barkodlama Ek Paketi 1-12’nin nasıl çalıştığına dair örnek olarak sunulan üç protokolü vardır. Lütfen cDNA veya amplikonları barkodluyorsanız, bunların önceden yapılmış olması gerektiğini unutmayın. Bu protokoller, belirli deneysel gereksinimler için uyarlama ve optimizasyona açıktır. Bu kit, kütüphane hazırlığı için Ligasyon Dizileme Kiti ile birlikte kullanılır. Kiti -20 °C’de saklayın.
Oxford Nanopore Technologies, ürünün kullanım ömrünün müşteri tarafından tedarik edilmesinden itibaren 3 ay olduğunu kabul eder.
İş Akışı
PCR Barkodlama Ek Paketi 1-96 (EXP-PBC096), birden çok dizileme kütüphanesinin bir havuzda toplanmasına ve birlikte çalıştırılmasına izin verecek şekilde tasarlanmıştır. Kit, hem ileri hem de geri primerlerde aynı barkoda sahip adaptörler ve ileri ve geri PCR primerleri içerir. Kitte 96 benzersiz barkod vardır. 96 benzersiz barkod ve barkod başına 10 kütüphane oluşturmaya yetecek kadar gerekli adaptör vardır. Barkodlar, çaprazlama olasılığını en aza indirmek için dikkatlice tasarlanmış ve kapsamlı bir şekilde saflaştırılmıştır.
Halihazırda bu kit için PCR Barkodlama Ek Paketi 1-96’nın genomik, amplikon veya cDNA kitaplıkları için nasıl uygulanabileceğinin örnekleri olarak sunulan üç protokol vardır. Lütfen cDNA veya amplikonları barkodluyorsanız, bunların önceden yapılmış olması gerektiğini unutmayın. Bu protokoller, belirli deneysel gereksinimler için uyarlama ve optimizasyona açıktır.
Bu kit, kütüphane hazırlığı için Ligasyon Dizileme Kiti ile birlikte kullanılır.
Oxford Nanopore Technologies, ürünün kullanım ömrünün müşteri tarafından tedarik edilmesinden itibaren 3 ay olduğunu kabul eder.
İş Akışı
